Doprava mezi městy je možná buď dálkovými autobusy, které vyjíždí každý den zpravidla ráno, nebo matatu (14-ti místná dodávka), která odjíždí až se zaplní. Problém může nastat se zavazadly, protože zde nedávají zavazadla na střechu. Občas chtějí zaplatit další jízdné za to, že na sedadle je batoh.
Leteckou přepravu zajišťují společnosti Fly Uganda, Eagle Air a Aero Link. Ceny jsou ale takové, že se příliš nevyplatí. Movitější turisté létají do NP Kidepo.
Auto si můžete pronajmout s řidičem i bez řidiče. Počítejte ale s tím, že cesty jsou velmi špatné, běhají po nich děti a zvířata, předpisy se nedodržují a přednost má ten silnější. Často dochází k dopravním nehodám. Určitě necestujte za tmy. Na safari je auto potřeba, bez něj nic neuvidíte. Stopem to jde také, ale někteří řidiči mohou čekat, že jim za jízdu zaplatíte.
Autobusy spojují všechna větší ugandská města. Bezpečnost, pohodlí i ceny závisí společnost od společnosti. Nejoblíbenějšími jsou Post Bus a Modern Coast, které mají i klimatizaci a bezpečnostní pásy. Lístek nebývá problém koupit na místě. Autobusy dělají pravidelné zastávky na jídlo a toaletu.
Minibusy (matatu) jsou asi nejběžnějším způsobem dopravy. Jezdí tak jako autobusy po určité trase, za danou cenu, jezdí ale častěji a i mezi menšími městy. Vyjíždí když jsou plné a cestou kdekoliv zastaví, aby pasažéry vysadili nebo nabrali. Do 14 místné dodávky se vejde i 30 lidí.
Motorky (bodaboda) nejsou příliš bezpečné ani pohodlné, na krátké vzdálenosti je to ale nejrychlejší způsob dopravy. Zastavte si řidiče, domluvte cenu a jeďte. Cena začíná na 1000 UGX za 1-2km jízdy. Nejezděte v noci a nebojte se řidiči říct, aby zpomalil a dodržoval předpisy.
Kolo si můžete půjčit třeba na ostrovech Sesse, kde jsou cesty téměř prázdné. Jinak, ačkoliv je Uganda poměrně rovinatá, není pro cykloturistiku příliš vhodná, silnice jsou děravé nebo úplně nezpevněné a řidiči neberou na cyklisty ohled.
Lodní doprava funguje na Viktoriině jezeře, využijete ji především pojedete-li na ostrovy Sesse. Trajekt je většinou přeplněný nákladem i lidmi a při špatném počasí není bezpečný. Trajekt na trase Entebbe-Bugala, jezdí každý den a lístek stojí od 10,000 UGX. Mezi jednotlivými ostrovy se přepravíte vodním taxi nebo soukromou motorovou lodí. Lodě jezdí i v národních parcích Murchison Falls a Queen Elizabeth, kde můžete pozorovat pasoucí se a koupající se zvířata. Rafting vyzkoušejte nedaleko Jinjy u vodopádů Bujagali. Na jezeře Bunyonyi se zase pluje v dřevěných kanoích.
Aktualizaci online průvodce připravila Lucie Dlauhá.